Ciri utama kapal pontun dua dek ialah memasang pontun di bawah badan kapal untuk membentuk struktur dua dek. Reka bentuk ini menjadikan bot lebih stabil dan mampu memberikan sokongan daya apungan yang lebih baik.
Terdapat selang pengasingan antara dua ponton dan ia terapung secara bebas. Reka bentuk ini boleh meningkatkan keselamatan dan kestabilan kapal pada tahap tertentu, walaupun salah satu pontun rosak, pontun lain boleh terus memberikan daya apungan dan memastikan keselamatan kapal.